目前，学校已形成了以财务会计、经济贸易、市场营销、工商管理等财经类专业为主，旅游、艺术、传媒、电子信息、文化教育等专业协调发展的办学格局。学校设有8系3部，即工商管理系、经济贸易系、会计系、计算机系、旅游系、商务艺术系、外语系、新闻传播系和思政部、基础部、继续教育部；有32个专业，分别为工商企业管理、经济信息管理、物流管理、人力资源管理、物业管理、社区服务与管理、会计电算化、会计与审计、税务（企业会计与税务）、市场营销、国际商务、国际贸易实务(国际物流与报关)、电子商务、连锁经营管理、计算机应用技术、计算机网络技术、嵌入式系统应用开发、软件技术、旅游管理、会展策划与管理、酒店管理(旅游与酒店管理)、旅游英语、装潢艺术设计、广告设计与制作、服装设计、旅游工艺品设计与制作、新闻采编与制作、文秘、信息传播与策划、主持与播音、应用英语、应用日语等。近年来，学校还与西南交通大学、北京语言大学、东北财经大学等联合办学，开办本科层次的网络教育、函授教育。

学校十分重视教学与科研齐头发展。学校主办有国内外公开发行的学术刊物《福建商业高等专科学校学报》。学校教师主持或参与的各级、各类科研项目98项，其中省级3项，教育厅32项，在全国各级学术刊物上发表教研、科研论文700篇，出版专著11部，主编或参编教材37部，其中有3部教材获奖。学校拥有2门省级精品专业，省级教学成果奖2项，8门省级精品课程，4门省级精品课程立项。